A régészek eddig csak egy kis részét tárták fel, de becsléseik szerint a város virágkorában legalább 20 000 ember élt Tiwanakuban. Az ásatások során kiderült, hogy a polgárok különálló városrészekben éltek, amelyeket nagy vályogfalakkal zártak körül. A városban talált egyéb maradványok között templomok, egy piramis, nagy kapuk és idegenszerű arcokat ábrázoló faragványok szerepelnek. Az egyetlen alaposan feltárt terület a városközpont.

Kr. u. 1200-ra a Tiwanaku civilizáció szinte teljesen eltűnt a területről. A legtöbb régész egyetért abban, hogy ez a drasztikus időjárás-változásoknak volt köszönhető. A kultúra azonban tovább élt, mivel ez lett az alapja az inkák hitének, akik a következő lakói voltak vidéknek. Hitük szerint Tiwanaku volt az a hely, ahol az inka isten, Viracocha megteremtette az első embereket. Az inkák saját épületeiket a Tiwanaku civilizáció által emelt építmények mellé húzták fel.

Az egyik legérdekesebb építmény az Akapana-piramis. Ez volt Tiwanaku egyik legnagyobb épülete, és valószínűleg a város legfőbb szent helye. A fosztogatók azonban sok követ elhordtak, így egykori szépsége mára kissé megkopott.

A Kalasasaya templom a piramistól északra található. Rituális építmény, két monolitikus támasztékkal, amelyek a bejárati lépcsőt szegélyezik. A Kalasasayán belül kisebb, monolitok állnak. Az északnyugati sarokban egy nagy vulkanikus sziklatömb található, amelyről úgy vélik, hogy a napistenhez kapcsolódik. A felszínét az egyik oldalon egy istenség szobra, a másikon pedig egy négy, mély vágásból álló sor borítja.

A Kalasasaya északkeleti sarkában található az ikonikus Puerta del Sol (a Nap kapuja), ami egy díszes oszlopcsarnok, amelyet egyetlen, tíz tonnás szikladarabból faragtak ki. A kapu feletti központi alak Tiwanaku legismertebb szobra, valószínűleg a legfőbb teremtő istené, akit az aymara nép Thunupa néven, az inkák pedig Viracocha néven tiszteltek. A fejéből sugárzó 24 sugár miatt egyesek napistennek tartják, bár nem sok bizonyíték utal arra, hogy az inkák előtt létezett ilyen kultusz.

Június 21-én, az Egyenlítőtől délre a téli napforduló idején Tiwanakuban ünneplik az aymara újévet. A helyiek ilyenkor színes ruhákat viselnek és lakomákat tartanak, a kokalevelet rágnak és táncolnak napfelkeltéig, amikor a nap sugarai a templom keleti bejáratán keresztül beragyognak.

Bár Dél-Amerikában számos romváros található, Tiwanaku kapcsán született a legtöbb egyedi és furcsa elmélet. A huszadik század elején például H. S. Bellamy csillagász úgy vélte, hogy a város a Föld egyik holdjának a területre való becsapódásának eredménye. Erich von Daniken pedig azt állította, hogy kutatásai szerint földönkívüliek létesítettek bázist Tiwanakuban, és különleges technológiájukkal emelték a nagyszerű műemlékeket.