A mameluk szultanátus számára létfontosságú volt a tengeri kereskedelem, komoly flottával is rendelkeztek, várható volt, hogy fel fognak lépni a rodoszi kalózkodásokkal szemben. Al-Zahir Jakmak mameluk szultán (1438–1453) eldöntötte, felszámolja a Földközi-tenger keleti medencéjét megbénító rodoszi johannita államot.
A szultán tárgyalásokat kezdett a lovagrenddel 1438-ban, de egyértelmű volt, a háború elodázása zajlik csak. A mameluk szultán ráadásul szerződést kötött az oszmán birodalommal, amelyben az oszmánok semlegességet vállaltak, ha Rodosz szigetét egyiptomi támadás éri. A lovagrend ekkor Európához fordult, amely persze cserben hagyta a rodosziakat. Egy fűszálat nem mozdítottak a mind fenyegetőbb veszély ellenére.
A Rodosz ellen induló mameluk flotta végül 1440 tavaszán kifutott Damiettából. A pár tucat hadihajó pár száz katonát és néhány száz „martalócot” szállított. A rodosziak persze felkészülten várták a rohamot, Jean de Lastic nagymester (1437–1454) vezetésével simán visszaverték a mamelukok támadását. Az ostromlók 12 hajót vesztettek. Az 1440-es mameluk kísérlet lepattant a johanniták védelmi rendszeréről.
Al-Zahir Jakmak 1443-ban már jóval nagyobb flottával indult meg Damiettából. Az első feladat az volt, hogy elfoglalják Castellino szigetét a johannitáktól. Innen könnyen hátba lehetett volna támadni a kihajózó johannita flottát. A kis létszámú helyőrséget ugyan gyorsan legyűrték, a mamelukok tudták, felkészülten várják őket a lovagok. Ráadásul sok időt vesztettek a Castellino ostromával, így a flotta viszont a közeledő tél elől kénytelen volt visszatérni Damiettába.
1444 tavaszán indult Rodosz ellen újra támadás, 40 hadihajó és 1 000 katona, illetve a számos szállítóhajó vette a sziget felé az irányt. A mamelukok partra szálltak, a várost körbezárták, és ostrom alá vették.
A közel 40 napos ostrom alatt folyamatosan dúlták a sziget falvait, a városban azonban bőséges készleteket halmoztak fel. Az ostromló mameluk hadsereg az első rohamok kudarca után elbizonytalanodott, amit a johanniták kíméletlenül kihasználtak, Jean de Lastic johannita nagymester vezetésével kitörtek a városból és levágták az ostromlók többségét. A mamelukok ismét megszégyenültek.
1446-ban a mameluk szultanátus és a johannita lovagrend képviselői francia közvetítéssel kötötték meg a békét, ami jelentősen növelte a lovagok nemzetközi tekintélyét elvégre egy nagyhatalmat sikerült megfutamítaniuk. Jean de Lastic nagymesterségének hátralevő idejében tovább folytatta Rodosz falainak erősítését. Az 1444-es kudarc után a mameluk szultanátus a továbbiakban már nem veszélyeztette Rodoszt.
Az következő évszázad azonban már a Oszmán birodalom erősödését hozta és a szultán egyre nehezebben tűrte az előretolt helyben befészkelt ellenfelet. 1480-ban próbálkozott először Rodosz ostromával, akkor még sikertelenül. A fiatal Szulejmán szultánnak kemény harcok után végül 1522-ben sikerült. A rend olyan bátran védekezett, hogy a szultán megtisztelte a túlélőket azzal, hogy vagyonaikkal, levéltárukkal, békében elhagyhatták a szigetet, azokkal a helyiekkel együtt, akik nem akartak oszmán uralom alatt élni.
A Rodoszból való száműzetés miatt a lovagrend saját terület nélkül maradt. Málta szigeteit V. Károly német-római császár ajánlotta fel nekik, évi egy vadászsólyom jelképes hűbéri ellenszolgáltatásáért. A rend 1530-ban vette birtokba Máltát.